Евгений Александрович Шинаков в 1977 году окончил исторический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова. В 1981 году в Московском государственном университете Шинаков Е.А. защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по специальности 07.00.06 Археология на тему: «Население междуречья Десны и Ворсклы в конце X - начале XIII вв.».

В 2000 году в Воронежском государственном университете защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук на тему: «Генезис древнерусской государственности. Опыт сравнительно-исторического исследования». В 1989 году ему присвоено звание доцента, а в 2005 году – звание профессора.

Научные исследования Е.А. Шинакова посвящены, главным образом, проблемам славяно-русской археологии и становления российской государственности, а также политической антропологии. Благодаря его изысканиям локализованы и археологически изучены целый ряд древнерусских городов Подесенья – Брянск (Дебрянск), Стародуб, Севск, Почеп, Вщиж, Погар (Радогощ), Синин Мост и ряд других.

Результаты работ Е.А. Шинакова широко развиваются как отечественными, так и зарубежными историками и археологами. Благодаря работам Евгения Александровича Брянская историко-археологическая школа широко известна в России и за рубежом, он поддерживает деловые и дружеские связи со многими исследователями из Белоруссии, Украины, Болгарии, Польши, Израиля, Румынии, Франции и других стран, является соруководителем совместной российско-болгарской экспедиции Брянского и Пловдивского университетов.

Е.А. Шинаковым опубликовано более 300 научных работ, в том числе 8 монографий, ряд статей опубликован в ведущих отечественных и зарубежных изданиях, в том числе индексируемых в международных базах данных Web of Science и Scopus. Е.А. Шинаков выступает с докладами на конференциях во многих научных центрах России и зарубежья: Москва, Санкт-Петербург, Минск, Казань, Чернигов, Смоленск, Калуга и др., а также в Великобритании (Лидс), Дании (Копенгаген), Румынии (Сибиу), Болгарии (Пловдив), Польше (Конин).

Е.А. Шинаков многократно являлся руководителем и исполнителем проектов, поддержанных грантами РГНФ и фонда «Русский мир». Ежегодно им проводятся хоздоговорные работы (археологические разведки и раскопки) в интересах развития народного хозяйства области. По результатам научных исследований им подготовлены и переданы на хранение в архив Института археологии РАН (г. Москва) более 30 научных отчетов о раскопках и разведках на территории области, написано и опубликовано несколько научно-популярных и учебно-просветительных работ, освещающих и пропагандирующих историю и историко-культурное наследие Брянского региона, в том числе по военно-патриотической тематике.